据路透社、法新社与巴拉圭《ABC彩色报》报道，巴拉圭检察机关11月7日在佩尼亚到检察总署接受讯问后，以「背信」和「为己谋利的管理行为」两项罪名对其提起刑事指控，并请求法院对其实施审前羁押，同时申请冻结其名下资产与金融账户。佩尼亚在讯问中未作陈述。
检方指控佩尼亚利用总统职权，影响政府机构和国有单位的决策，使大量公款继续存放在数字银行Ueno，而他本人与该行存在财务关联，构成利益冲突。佩尼亚在2025年3月前持有Ueno控股公司股份，他否认有任何不当行为，其辩护律师称指控「轻率且投机」。检察官表示两项罪名各最高可判处10年徒刑。
前央行行长卡洛斯·卡瓦略同日被控背信、为己谋利管理及制作内容虚假的公文书，检方同样申请对其审前羁押。佩尼亚6日遭国会一致表决弹劾罢免，副总统佩德罗·阿利亚纳当天宣誓就任，将完成至2028年8月的剩余任期。